No período de Capitania, Portugal se empenhou na defesa do território conquistado. A preocupação com a fronteira, a extensa linha que ia do Paraguai ao Acre, continha um aspecto estratégico nevrálgico: ocupar o máximo de território possível na margem esquerda do Rio Guaporé e na direita do Rio Paraguai. O rio e as estradas eram questões de importância fundamental, pois apenas se podia contar com animais e barcos. A situação de Vila Bela da Santíssima Trindade no ponto limite era linguagem eloqüente da política de colonização.
Algumas tentativas não surtiram efeito, pois Rolim de Moura teve de entregar as Missões que mandara o padre jesuíta Agostinho Lourenço estabelecer na margem esquerda do Rio Guaporé. Luíz de Albuquerque o mesmo fez com Viseu e Guarajus.
À Capitania de Mato Grosso faltava povo e recursos financeiros para manter a política de conquista. Favorecimentos especiais foram prometidos para os que morassem em Vila Bela, visando o aumento da povoação. Para socorrer o caixa da Capitania, a Coroa Portuguesa destinou a Mato Grosso parte dos quintos devidos ao Rei, produzidos por Goiás.
Arrobas de ouro transferidas de Goiás para Mato Grosso:
1759 - 03
1760 - 03
1761 - 04
Como o Rio Paraguai era vedado à navegação até o Oceano Atlântico, os governadores da Capitania agilizaram o domínio dos caminhos para o leste e a navegação para o norte, pelos rios Madeira, Arinos e Tapajós.
Ocorreram avanços de ambas as partes, Portugal e Espanha, para território de domínio oposto. Antes da criação da Capitania de Mato Grosso, os missionários jesuítas espanhóis ocuparam a margem direita do Rio Guaporé, como medida preventiva de defesa. Para desalojar os missionários, Rolim de Moura não duvidou em empregar recursos bélicos.
Em 1766, os espanhóis prepararam uma ofensiva militar de fôlego. O General Presidente da Real Audiência de Chuquisaca concentrara um contingente de dois mil soldados adestrados e canhões contra o Forte de Nossa Senhora da Conceição. A força do Capitão General português, João Pedro da Câmara não passava de duzentos homens, dez vezes menor do que a espanhola. No entanto, os portugueses venceram sem disparar um só tiro, pois contaram com um aliado precioso; mosquitos transmissores da malária. Ceballos acantonara os soldados em terreno alagadiço. Partindo das altitudes bolivianas desconhecia as condições de ambiente das margens do Rio Guaporé. Os mosquitos mandaram 500 espanhóis para a sepultura e outros 650 para o hospital. Não restou a Ceballos outra alternativa senão a retirada.
O último ataque armado na Capitania proveio do Paraguai, em 1801. O defensor mato-grossense Ricardo Franco de Almeida Serra previu os avanços de Dom Lázaro de Ribeira: reestruturou o Forte de Coimbra, o último ao sul de Mato Grosso, dotando-o com muros de dez palmos de espessura e quinze a vinte palmos de altura. Dom Lázaro subiu o Rio Paraguai com três grandes sumacas (antigo navio à vela). À intimação de depor as armas, recebeu a resposta de Almeida Serra, a 17 de setembro:
“Tenho a honra de responder categoricamente a V. Exa. que a desigualdade de forças sempre foi um estímulo que animou os portugueses, por isso mesmo, a não desampararem os seus postos e defendê-los até as suas extremidades, ou de repelir o inimigo, ou de sepultarem-se debaixo das ruínas dos fortes que se lhes confiaram; e nesta resolução se acham todos os defensores deste presídio, que tem a honra de ver em frente a excelsa pessoa de V. Exa. a quem Deus guarde muitos anos”.
No dia 21, Dom Lázaro ordenou o desembarque. A fuzilaria de Almeida Serra repeliu as forças castelhanas. Um pelotão espanhol desembarcou e avançou de flanco. Colhido por emboscadas, perdeu três homens. Dom Lázaro desistiu de continuar a luta, voltando para Assunção.
Os garimpos e a produção agropecuária não podiam produzir a renda suficiente para fazer frente ao preço dos manufaturados. O regime colonial era extorsivo. Além da Colônia suportar o peso do “exclusivo colonial” português, com o tempo foi tendo que arcar ainda com o preço da manufatura inglesa, pois Portugal permitira o comércio inglês dentro de seu país e de suas colônias a troco da proteção bélica britânica. Portugal obteve um aliado poderoso, mas a preço da soberania portuguesa.
O recurso dos mato-grossenses foi o contrabando. Para os espanhóis ia o ouro e mais tarde o diamante de Diamantino e mais os manufaturados. Dos espanhóis vinha para os mato-grossenses a prata. A prata, em si, possuía menos valor do que o ouro, mas, em compensação, era a moeda corrente de valor forte.
O clima de contrabando não era apenas popular. Era também oficioso. O Marquês de Pombal, na surdina, promoveu o contrabando do exclusivo colonial português entre os espanhóis. Em instrução ao Governador General Luís de Albuquerque insuflou: “... terá V. Senhoria todo o cuidado em animar o dito comércio por todos os meios que lhe forem possíveis, de sorte porém e com tal disfarce que não pareça que V. Senhoria o promove e menor que tem ordem para assim o fazer”.
O povo vivia sob o espectro de guerra iminente. Por falta de recursos para manter uma força regular suficiente, o governo da Capitania recorria à convocação do povo para as lutas de defesa. A guerra produzia não apenas a baixa em contingente humano e material bélico: desertava as fazendas.
Quando não, os próprios fazendeiros, pois além de contribuir com as armas e pessoal para a guerra, ele mesmo chefiava a tropa. Também ocorriam ataques de povos indígenas às fazendas desfalcadas de gente.
A defesa da linha limítrofe era um duro e continuado sacrifício do povo. Mas foi esse sacrifício mato-grossense que sustentou a paz do interior do Brasil. Os homens graduados e afortunados ainda recebiam a recompensa de reconhecimento oficial, lugar de destaque na sociedade e mesmo favores compensatórios. Os humildes arcavam com o sacrifício sem retorno. Não consta que o governo homenageasse o lindeiro desconhecido.
Apenas com a exaustão de ambas as partes antagônicas é que o contrabando campeou tranquilo. As guerras européias não influíram nos ânimos de espanhóis e portugueses ao entrar dos anos oitocentistas.
No governo do Capitão General João Carlos Augusto D’Oeynhausen, Dom João VI instituiu o Reino Unido de Portugal, Brasil e Algarves, a 16 de dezembro de 1815. A proximidade do governo supremo situado no Rio de Janeiro favoreceu a solução mais rápida das questões de governo. A independência de comércio trouxe novos alentos à vida mato-grossense.
Com a aproximação do fim da Capitania, Cuiabá assumiu aos poucos a liderança política. Vila Bela da Santíssima Trindade funcionou eficazmente como centro político da defesa da fronteira. Não podia ostentar o brilho comercial de Cuiabá e Diamantino. O último governador da Capitania, Francisco de Paula Magessi Tavares de Carvalho já governou todo o tempo em Cuiabá.
Em Mato Grosso, precisamente nos anos de maturação da Independência, acirraram-se as lutas pelo poder supremo da Capitania. A nobreza, o clero e o povo depuzeram o último governador Magessi. Em seu lugar se elegeu uma Junta Governativa.
Enquanto uma Junta se elegia em Cuiabá, outra se elegeu em Mato Grosso, topônimo que passou a ser conhecido Vila Bela da Santíssima Trindade, a partir de 17 de setembro de 1818.
Sob o regime de Juntas Governativas entrou Mato Grosso no período do Brasil Independente, tornando-se Província. (fonte - Aspectos Históricos de Mato Grosso, de Pe. José de Moura e Silva).